Mùi hôi từ chuồng trại chủ yếu đến từ quá trình phân huỷ chất thải hữu cơ bởi vi khuẩn gây hại, sinh ra khí NH3 (amoniac) và H2S — hai loại khí vừa gây mùi khó chịu, vừa ảnh hưởng đến hô hấp của vật nuôi nếu tích tụ lâu ngày. Nhiều hộ chăn nuôi xử lý bằng cách xịt hoá chất khử mùi, nhưng cách này chỉ che mùi tạm thời chứ không giải quyết nguồn gốc.
Vi sinh xử lý theo cơ chế khác: các chủng như Bacillus subtilis và Lactobacillus plantarum cạnh tranh môi trường sống với vi khuẩn gây mùi, đồng thời tiết enzyme phân giải chất thải hữu cơ thành dạng ổn định hơn, ít sinh khí hôi hơn. Đây là lý do rắc men vi sinh lên nền chuồng thường cho hiệu quả kéo dài hơn xịt hoá chất, dù thời gian thấy hiệu quả ban đầu có thể chậm hơn vài ngày.
Để hiệu quả, nên rắc đều men lên toàn bộ nền chuồng chứ không chỉ khu vực tụ phân, và duy trì định kỳ thay vì chỉ dùng một lần khi chuồng đã quá hôi. Với chuồng dùng đệm lót sinh học (trấu, mùn cưa trộn men), nên đảm bảo độ dày đệm lót tối thiểu 7cm để vi sinh có đủ không gian hoạt động.
Một điểm cộng khi xử lý mùi bằng vi sinh: chất thải sau xử lý thường phân huỷ nhanh hơn thành dạng hữu cơ, có thể tận dụng làm phân bón cho cây trồng thay vì phải xử lý bỏ đi.
